Программ, позволяющих соединяться через FTP достаточно много, но из бесплатных и достаточно удобных и надёжных я советую программу FileZilla. Это бесплатная программа с русским интерфейсом, не требует специальных знаний подобного рода программ.
После запуска программы FileZilla, Вам нужно ввести данные к FTP доступу Вашего хостинга. Эти данные при регистрации Вам присылают в первом письме, они так же есть в админ панели Вашего хостинга, наконец Вы можете их узнать через тех поддержку. После введения данных, программа соединит Ваш компьютер с Вашим хостингом. Отображение файлов хостига, будет в правом окошке, файлы Вашего компьютера — в левом окошке программы.
Для загрузки файла Вам нужно зайти в папку на Вашем хостинге (окошко справа) куда Вы хотите поместить файл и выбрать в окошке слева файл на Вашем компьютере, который Вы хотите загрузить. Дальше просто, левой кнопкой мышки удерживаете файл и перетаскиваете его в правое окошко. В нижней части программы, Вы сможете наблюдать за ходом загрузки.
Через FTP доступ, Вы так же можете удалять, переименовывать или изменять содержимое файлов на Вашем сайте. После того как Вы закончили работу с программой, обязательно почистите историю.
Если в Ваш компьютер попадёт вирус, то в первую очередь он бегает именно по браузерам, программам и т. п. где сохранены пароли, особенно данные FTP доступа.